Do sự tăng lên số đội tham gia, nên sẽ có vòng sơ loại bao gồm 4 đội.[1] 34 đội khác từ Highland League, giành quyền từ Junior và các đội khác thuộc Hiệp hội bóng đá Scotland được đi tiếp vào vòng Một.[1] Các đội Third Division vào vòng Hai, trong khi các đội Second Division và một số đội First Division bắt đầu từ vòng Ba.[1] Các đội First Division còn lại và tất cả các đội Scottish Premier League (SPL) và vòng Bốn (32 đội mạnh nhất).[1] Lễ bốc thăm vòng Bốn diễn ra đầu tháng 12 năm 2012, cho phép các câu lạc bộ SPL một kì nghỉ đông ngắn trong tháng Một.[2]

Lần đầu tiên trong lịch sử, trận chung kết dự định sẽ diễn ra vào ngày Chủ Nhật.[2] Việc này để thích nghi với quy định của UEFA là cấm phát sóng các trận đấu cùng ngày với trận Chung kết UEFA Champions League.[2] Chung kết Cúp quốc gia Scotland 2012 diễn ra cùng ngày với trận chung kết Chung kết UEFA Champions League 2012, nhưng đã được giải quyết với việc từ bỏ 1 năm đề nghị bởi UEFA.[2] Sự tắc nghẽn ngày thi đấu cho thấy rằng Chung kết Cúp quốc gia Scotland 2013 không thể chuyển sang ngày cuối tuần trước đó.[2]

Lịch thi đấu mùa giải 2012–13 như sau:[3]